Condensatore alimentazione

La differenza di tensione che ottieni è data semplicemente
dal differente assorbimento interno tra ramo positivo e ramo negativo,
dentro un amplificatore non tutto il circuito è simmetrico,
questo è normale, dovresti calcolare la resistenza
in base all'assorbimento reale di ogni ramo,
ma io le resistenze non ce le metterei.
Ti sembrerà strano
ma è più innocua una resistenza direttamente sul primario del trasformatore,
ma neppure questa io ci metterei.
La soluzione migliore è
o lasciare così
o diminuire qualche spira del secondario, se è toroidale è facile.

Rumore:
dai per scontato che derivi dal ripple dell'alimentazione,
ma ne sei sicuro?
Potrebbe essere endemico per una carente circuitazione di massa interna
o derivare da una insufficiente schermatura
o da un modo non corretto di prelevare la massa dei cavetti schermanti.

Comunque, oltre una certa misura,
e nel tuo non ho idea di quale possa essere quella giusta,
l'aumento dei uFarad non è proficuo.

Per migliorare un circuito bisogna saperne molte di più del progettista,
non di meno.